htaccess pro alias

Dobrý den,

mám zřízený alias. Pokud uložím nějaké pravidlo přímo do adresáře /domains/domena.cz/.htaccess, tak se mi zdá, že pravilda jsou ignorována. Pravidla se zřejmě načítají jen z hlavního .htacces, který je uložen v adresáři hlavní domény. Jak nastavit pravidla samostatně jen pro alias?

Děkuji.